Das Alte Gymnasium Flensburg wurde am 19.6.1566 unter dem Namen „Gymnasium trilingue“ nach Vorbild der Domschule Schleswig vom Dänischem König Friedrich II gegründet.
Das nötige Geld wurde vom Franziskanermönch Lütke Namens gestiftet.
In den folgenden 300 Jahren wurden im Durchschnitt 50-100 Schüler in 5-6 Klassen von 5-6 Lehrern unterrichtet. Außerdem wurde eine ca. 60000 Bücher starke Bibliothek gegründet, welche 1991 in die Flensburger Leihverkehrs- und Ergänzungsbibliothek überführt wurde.
Im Jahre 1850 wurde ein zusätzlicher Realzweig mit kürzerer Schuldauer, modernen Fremdsprachen und Naturwissenschaften eingeführt und zudem stieg die Schülerzahl auf über 300 an. Als Schleswig-Holstein zur Preußischen Provinz wurde, wurde dieses zweigliedrige Konzept beibehalten. Das auffällige Gebäude mit dem Turm wurde von 1912 bis 1914 erbaut.
Seit 1964 dürfen auch Mädchen das Alte Gymnasium, als Jungenschule gegründet, besuchen.
Seit 1973 gibt es ein Kurssystem. Heute ist das Alte Gymnasium die einzige Schule in Flensburg, die Latein als erste Fremdsprache lehrt.